日々の仕訳をきちんと行っていても、定期的に資産・負債科目の残高照合を行ってください。

特に・・・現金、預金、借入金

実際の作業としては貸借対照表や総勘定元帳による照合でかまいませんが「けいりくん３」の場合、「仕訳データ」を使った方が何かと便利でしょう。

メインメニューから「仕訳データ」ボタンをクリックし「検索」ボタン→科目コードをプルダウンから選択→「続行」クリック
これで選択した科目のみが抽出され最下部に残高が表示されます。

マニュアルの「９仕訳帳の使い方」のあたりです。